食品無菌車間最好能與外界隔離，不能穿行或受其他因素干擾。食品無菌車間的大小依需要而定，一般由更衣間、緩沖間、風淋室和操作間組成。更衣間放在外，主要供更換衣帽、鞋子等。操作間放在內間，主要供產品灌裝，房間應不受日光直射，大小適當，高度適宜(具體根據生產設備的高度確定)。頂部過高會影響紫外線的有效滅菌效果。墻壁應光滑無死角，以便清洗和消毒。食品無菌車間應為密閉式并保持車間靜壓差為正壓，設置空氣消毒用的紫外線燈、空氣過濾凈化器和恒溫裝置。
1、頂棚：頂棚材料多采用表面光滑材料，如彩鋼板、塑料板、鋁板、扣板，可以采用吸附力強的無塵抹布擦拭表面，并配合伸縮桿、老虎夾等工具使用，得心應手。對凸凹不平處、陰角可用超濾塵工業吸塵機吸塵。
2、墻面：墻面材料多采用表面光滑材料，如玻璃、彩鋼板、塑料板、鋁板、扣板、不銹鋼板，可以采用吸附力強的無塵抹布、無塵抹水器擦拭表面，并配合玻璃刮、伸縮桿、老虎夾等工具使用，得心應手。對凸凹不平處、陰角可用超濾塵工業吸塵機吸塵。
3、食品無菌凈化車間地面：地面采用溶劑型環氧樹脂，強度C20以上，表面密實，無起沙、空鼓、裂縫。顏色艷麗，防靜電性能恒久不變，可承受中等以下載荷，耐高溫。在滿足使用的基礎上，可以起到裝飾的作用，耐磨、耐洗刷、防塵、防滑、性能優良，顏色和光澤均勻一致。
4、設施：:用超濾塵工業吸塵機吸塵或用無塵抹布擦拭。
5、對風口、縫隙、閥門、燈具、門窗、管孔用超濾塵工業吸塵機吸塵或用無塵抹布擦拭。
6、清潔劑的使用要求：潔凈廠房對濕度要求嚴格，盡量避免濕洗，必要時可用中性清潔劑，盡量少用酸性或堿性的清潔劑。清潔劑能消除靜電更隹。
7、保潔過程中特別要注意的是避免楊塵。
